中国感染甲型H1N1流感的人数不断增加，引起外界的诸多忧虑。尽管比起7年前处理SARS时的态度，官方的主动性看似是提高了不少，也在定期地发布甲流感染人数和死亡案例，但是公告的数据过低，让人难以置信。当时的SARS带来的恐惧，至今人们还是记忆犹新，所以对于甲流将带给中国和全世界什么样的挑战，北京的处理态度都将成为关键。
根据中共卫生部通报，截止到12月16号，甲流病患死亡总共442例，到12月中旬，中国已经证实约11万人感染甲流。与此同时，世界卫生组织发布疫情通报说，甲流已在全球造成超过1万人死亡。世界各国平均病死率超过1.24%，而中国报告的甲流病死率仅为0.065%，是全球平均水准的1/20。广州呼吸道疾病研究所所长钟南山说【录音】：我不相信官方的数字，甚至美国。甚至美国的疾控中心都说，在美国实际的数字比报告的数字高很多。多高？实际数字高出140倍。我认为中国也是。
早在11月底，北京卫生部门就承认北京地区有40万人感染了甲流，远远高于中共卫生部通报的资料。
钟南山认为，地方政府为了片面追求业绩，隐瞒甲流真实情况。
针对钟南山的批评，中共卫生部虽然正面回应，宣称不得隐瞒甲流疫情，但根据新唐人记者的调查，大部份中国省市的医院已收到通知，甲流的诊断，一律以流感或肺炎处理；只有重症患者能做甲流筛选检测，轻型患者则被拒之门外。辽宁省朝阳县一位元老医生对新唐人记者表示，现在国家已经不负责甲流患者的治疗问题，各级官员为了自己的政绩也对甲流疫情进行隐瞒。
钟南山认为，隐瞒甲流疫情比甲流本身更可怕。他说，资讯透明公开是防控甲流的前提。对甲流死亡病例隐瞒不报。这样做表面上起到了安抚人心、稳定社会的作用，实际上给以后的防控工作埋下了巨大的祸根，无异于饮鸩止渴，后患无穷。
为了抑制甲流的蔓延，北京积极鼓励人民接种甲流疫苗；但根据美国哥伦比亚广播公司CBS发自北京的报导，很多民众质疑疫苗的可行性。事实上，截至到11月月底，中国有4人在接种甲流疫苗后死亡，虽然官方媒体新华社引述卫生部官员的说法，澄清其中3例证实与疫苗接种无关，但民众认为官方掩盖了实情。
一位学生在互联网上披露，湖北师范学院一名学生打完疫苗后，出现感冒症状，自行治疗没有好转，11月26号呼吸衰竭死亡，校方对外封锁了消息。
更令人隐忧的是，中国到目前还是陆续有人感染H5N1禽流感，现在全世界专家关注的核心问题已经不仅仅是H1N1，而是担心流感病毒在人、禽、猪三者身上整合变异为超流感。
最近一个月，沈阳传出几位甲流重症患者肺部呈现白色，在短期内死亡。沈阳疾病防疫控制中心工作人员表示，病情发展太快，还没有调查清楚。而在广州，也有甲流患者出现新的症状，浓痰黏度异常的高。虽然目前还不能肯定这些症状与病毒变种，或是与超流感有关，但可以肯定的是，这些案例到目前为止，还没见过官方的发布和警告。
中国城乡贫富的悬殊也使得医疗条件存在着巨大差距，再加上将近2亿缺乏医疗保健、流动性极大的农民工，将可能意味着甲流的蔓延，会比想像中来得更广、更快。
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